Kết thúc mùa 3, Kirito sau khi có được sự trợ giúp rất lớn từ 2 người bạn thân của mình là Alice và Eugeo cuối cùng đã có thể đánh bại được sự thống trị của Administrator. Vậy nhưng số phận thật trớ trêu khi Kirito lại chưa thể rời khỏi thế giới Underworld này bởi Ocean Turtle – con tàu ngoài biển nơi đặt toàn bộ dữ liệu máy chủ lúc này đã bị tấn công bởi thế lực bên ngoài. Trong giây phút Kirito nhận ra những gì đang xảy đến trong hiện thực thì một luồng ánh sáng đột ngột xuất hiện và nó sẽ ảnh hưởng trực tiếp lên bản thể của Kirito trong thời gian kế tiếp.

Từ đây, cuộc chiến trong Underworld lẫn hiện thực sẽ đều bước sang một trang mới. Trong khi những người bạn của Kirito ở thế giới bên ngoài sẽ phải tìm cách đánh bại kẻ thủ đang muốn cướp đi Alice thì Alice trong Underworld cũng sẽ phải bước vào một chiến không khoan nhượng với thế lực bóng tối. Liệu số phận của Kirito cùng Alice sẽ ra sao và Asuna có thể giải cứu người yêu mình khỏi Underworld hay không?