Năm 2131, thế giới đảo lộn với những cuộc chiến tranh, và Duenan, một nữ chiến binh được cứu sống từ đống đổ nát của một thành phố và được đưa đến Olympus.

Tại đây, cô đã gặp lại người yêu cũ của mình Briareos. Cùng với nhau, họ bắt tay hoàn thành nhiệm vụ mà tổ chức cao nhất của Olympus giao phó.Deunan gặp lại mẹ trong quá khứ và biết tường tận về dự án mang tên "Appleseed" của mẹ, nó được giấu ngay trong khẩu súng mà bó cô để lại.

Những sự thật dần lộ diện và cuộc đấu tranh giữa những phe phái khác nhau với mục đích khác nhau của mình (tướng Uranus, thất lão) bị nhìn thấu. Cùng với nhau Deunan, Briareos cùng với những người bạn của mình, họ chiến đấu để bảo vệ lấy hành tinh của họ ( một hành tinh có sự hiện diện của con người và những Bioroid ) cũng như chiến đấu đề ngăn chặn sự sụp đổ của thành phố và ngăn chặn cuộc chiến tranh của 2 thế lực thống trị...